Carl Jacobsen, der grundlagde Ny Carlsberg Glyptotek og Ny Carlsbergfondet, var en af de første europæiske samlere, der fik øjnene op for Palmyra. Det resulterede i, at Danmark i dag råder over den største samling af palmyrenske gravportrætter uden for Syrien.
Johannes Elith Østrup var en af de danske filologer, der fattede interesse for Den Arabiske Halvø og Mellemøsten i slutningen af 1800-tallet. Med støtte fra Carlsbergfondet rejste han i 1891 til Mellemøsten og Ægypten og gjorde bl.a. ophold i Palmyra. Hans største bedrift lå dog i den kortlægning af dele af den syriske ørken, som han publicerede i 1895.
I 1930’erne stod Carlsbergfondet bag en arkæologisk ekspedition til Hama i Syrien. Der blev under udgravningerne fundet en lang række genstande, både lertøj, skulpturer og indskrifter. Genstandene blev skænket til Nationalmuseet, hvor mange stadig den dag i dag kan opleves.
I 1955 tog professor i klassisk arkæologi Poul Jørgen Riis på opfordring fra Syrien selv til Syrien for at undersøge lokaliteter, der kunne være relevante for en arkæologisk udgravning. Det blev grunden til Fønikienekspeditionen, der med støtte fra Carlsbergfondet startede i 1958 og fortsatte frem til 1963.
Den græske ø Rhodos har været et fokuspunkt for dansk arkæologisk og antikhistorisk forskning siden starten af 1900-tallet, hvor en dansk arkæologisk ekspedition drog til Rhodos for at udgrave og undersøge lokaliteten Lindos på øens sydøstkyst.
Den antikke lokalitet Kalydon i Grækenland blev i 1920’erne og 1930’erne undersøgt i et dansk-græsk samarbejde. Kalydon ligger i den region, der hedder Aitolien. Byen er kendt fra flere mytologiske fortællinger – blandt andet myten om det kalydonske vildsvin, der hærgede regionen og derfor blev jagtet og dræbt af en gruppe af helte, deriblandt Meleager og Atalante.
Siden 1954 har Carlsbergfondet støttet danske arkæologers arbejde i Den Arabiske Golf. En af de helt centrale opdagelser i projektets tidlige år var fundet af den forhistoriske oldtidshovedstad Dilmun.
I nutidens Bodrum i det sydvestlige Tyrkiet ligger ruinerne af et af antikkens syv vidundere – Kong Maussollos’ store gravmonument, også kaldet Maussollæet. Ordet mausoleum har netop sin oprindelse i dette monument. Carlsbergfondet var med, da danske arkæologer i 1960’erne påbegyndte udgravninger i byen.
Carlsbergfondet kom på et tidligt tidspunkt i arkæologiens danske historie ind i billedet som finansieringskilde til både udgravninger og udgivelser af forskningsresultater. Runeforskeren Ludvig Wimmer var den første til at modtage støtte fra fondet til en udgivelse, der hørte under kategorien arkæologi.