Jacob Christian Jacobsen bliver født i København den 2. september i Brolæggerstræde i København. Hans mor, Caroline Frederikke Schelbeck, er datter af en københavnsk silkevæversvend. Hans far, Christen Jacobsen, er en fæstebondesøn fra Vendsyssel, som i 1801 er taget til København for at finde arbejde i Kongens Bryghus. Christen bliver selvstændig brygger i 1826 med eget bryggeri i Brolæggerstræde. J.C. Jacobsen er enebarn, og hans barndom og ungdom er præget af skole og arbejde i faderens bryggeri.